Monthly Archives: mai 2010

Plus bidon tu meurs

Les importantes et meurtrières inondations qui sévissent actuellement en Pologne viennent d’être l’occasion d’une candidature au concours de l’excuse la plus bidon. Selon cet article de Libération, le gouvernement polonais vient de désigner les coupables : les castors. Cependant, le ministre de l’intérieur tient à préciser que les campagnols sont aussi sur le banc des accusés. On dirait du Coluche.

Bien sûr, ces cochons de castors ne respectent rien ! Pensez-vous, ils font des trous dans les digues. Les services de l’état ne sont évidemment pour rien dans le défaut de surveillance des digues, sans même parler de leur entretien. L’urbanisation anarchique, ça n’existe pas. L’augmentation du ruissellement en raison de l’augmentation des surfaces bétonnées (empêchant l’infiltration des eaux pluviales dans les sols), c’est une fadaise d’écologiste. D’une façon générale, personne n’y est pour rien, c’est la faute aux castors.

Pas de chance, ils sont « partiellement protégés ». Gageons que leur protection « partielle » risque de l’être de moins en moins. D’ailleurs, les quotas de chasse au castor ont été augmentés.

J’espère qu’on va vite trouver les responsables des dégâts de la tempête Xyntia. Y a pas de castors en Vendée, mais on peut certainement trouver un bouc émissaire.

Petit jeu pour finir : complète les phrases suivantes avec les mots proposés.
Les digues sont rompues par la faute des castors.
J’ai raté mon devoir par la faute des __________ .
Le métro était en retard par la faute des __________ .
J’ai oublié ma blouse à cause des _________ .
J’ai pas révisé ma colle à cause des __________ .

(cyclones, lapins, obsèques du chat de ma voisine, extraterrestres)

Quelques bien belles images …

… disponibles sur le site du Boston Globe.

Des photographies prises par la sonde Cassini, actuellement en orbite autour de Saturne. C’est quand même mieux que les habituelles  » vues d’artistes  » qu’on s’obstine à nous servir dans diverses revues scientifiques à destination du grand public.

Des photographies du Mont Saint Helen, qui est entré en éruption il y a juste 30 ans. Une éruption tout à fait impressionnante.

Le premier organisme vivant artificiel est né. Il ne reste plus qu’à se poser les bonnes questions.

Une équipe de chercheurs Américains a publié dans la prestigieuse revue Science un travail consistant à créer une bactérie artificielle, ou plus exactement une bactérie dont le génome est artificiel.
En substance, ils ont introduit dans une bactérie existante un brin d’ADN artificiel, c’est-à-dire dont la séquence est totalement non naturelle. Le travail a consisté à concevoir par ordinateur une séquence viable, à  fabriquer le double brin d’ADN correspondant, à l’introduire dans une bactérie, et à vérifier que la bactérie se comportait comme un être vivant. Après de nombreux essais et modifications, ils sont finalement parvenus à une bactérie réellement vivante, c’est-à-dire capable de se diviser et de fonctionner comme une bactérie naturelle.

Un compte rendu « grand public » du travail est disponible (en Anglais) sur le site de Science ici.

Les chercheurs insistent sur les aspects positifs du travail, et envisagent déjà de concevoir des bactéries capables de transformer le dioxyde de carbone en carburant, de permettre la fabrication de vaccins originaux, etc. C’est sans nul doute un magnifique travail, et ses applications potentielles sont presque infinies.

Il y a quand même quelques raisons d’être légitimement inquiet. D’abord, l’identité des chercheurs : l’équipe est dirigée par Craig Venter, un biologiste sans nul doute très doué (il a été l’un des premiers à séquencer entièrement un microorganisme), mais ses motivations sont un peu ambiguës. Craig Venter a refusé de participer à l’entreprise internationale de séquençage du génome humain, et a préféré mener son propre séquençage privé, sans se cacher de vouloir breveter les gênes découverts. Le brevetage du vivant me gêne passablement, mais lorsqu’il s’agit de mes gênes, je suis franchement agacé. Avec la modestie qui le caractérise, Venter n’a pas séquencé le gêne d’un quidam, mais le sien propre (autant prendre celui d’un génie, hein !) ; d’ailleurs ses travaux sont fait au Venter Institute, dans le Maryland (autant donner tout de suite le nom d’un génie vivant à un institut de recherche). Enfin, il n’a jamais caché son ambition de devenir immensément riche à l’aide de ses découvertes.
D’autre part, les financements du Venter Institute sont tout sauf désintéressés : entreprises pharmaceutiques, compagnies pétrolières, etc (source : the Independent).

Enfin, et je crois que c’est le plus inquiétant, on ne parle pas du tout des dangers inhérents à la création d’un être vivant totalement artificiel. Je suis tout sauf opposé à la recherche scientifique, et je n’ai aucun a priori sur la recherche génétique. Cependant, je suis farouchement convaincu que cela nécessite un vaste débat portant à la fois sur l’éthique de telles recherches, et sur les risques qu’elles comportent. Le propre d’une bactérie, c’est de pouvoir muter. Que signifie qu’on envisage de retraiter des eaux polluées avec des bactéries artificielles ? Qu’on laisse proliférer en liberté lesdites bactéries dans les eaux à retraiter ? Qu’arrive-t-il si elles se recombinent avec des germes pathogènes ?  Que signifie qu’on fabrique des bactéries pour éponger une marée noire ? Qu’on les largue par milliards dans l’océan ? Et après, que deviennent-elles ? Il est possible qu’il n’y ait pas de danger, ou pas de danger plus important qu’avec n’importe quel microorganisme naturel ; mais ce serait quand même mieux si on prenait la peine d’y réfléchir.
Encore une fois, je ne dis pas que cela doive faire arrêter toutes les recherches sur le sujet. Mais je déplore qu’une fois de plus, les avancées génétiques soient réalisées pour des intérêts privés et sans aucun débat sur leurs implications.

TP semaines 28 et 29 (et diverses considérations sur une décision d’un gouvernement précédent)

Deux manipulations de chimie organique relevant du cours sur les alcools (on anticipera un peu pour le premier groupe). Ne pas oublier de venir avec sa BLOUSE, vous savez, le chiffon blanc qu’on met sur ses habits pour éviter de se les imbiber de diverses substances.

Concernant la semaine 28 (TP du 10 mai), et sauf erreur de ma part, elle doit être traitée comme une semaine impaire du colloscope, c’est-à-dire que doivent venir en TP ceux qui devraient normalement venir le lundi 24 mai, qui s’avère férié du fait qu’il soit situé 50 jours après Pâques, et quoiqu’il fût  décrété ouvré par un chef de gouvernement amateur des Lapalissades, mais uniquement pour de rire, puisque tout le monde s’est empressé de le déclarer chômé quand même, à condition toutefois que les heures fussent reportées à un autre jour ou alors à deux demi-journées, mais, du moins pour ce qui est de l’Education Nationale, sans que les élèves ne soient tenus ni de venir le jour dit, ni de rattraper les heures un autre jour, parce que les associations de parents d’élèves ont fait savoir qu’il n’était quand même pas question de se gâcher le week-end pour cette rigolade qu’est l’école, ce qui signifie finalement qu’il n’y a que les profs qui soient censés travailler, mais sans les élèves. Je ne sais pas si tout le monde a suivi ?!? y’a interro écrite lundi, je vous donne tout de suite les questions du QCM.

1) Qui a décrété le lundi de la Pentecôte ouvré sans qu’il soit obligatoire de le travailler ?
– Franz Kafka
– Le roi Ubu
– Jean-Pierre Raf…
– Johnny

2) Qui a dit : « La route est droite mais la pente est raide » ?
– Le clown Bozo
– Monsieur de La Palisse
– Jean-Pierre …farin
– Bison Futé

L’essai du mois de mai …

… parle aussi de mathématiques, mais pas seulement. C’est un livre qui commence à dater (1999) et dont certaines parties sont peut-être un peu dépassées. Il s’agit de l’Histoire des codes secrets de Simon Singh, édité chez JC Lattès et qui n’a pas l’air épuisé malgré son âge.

Ce livre présente le principe de différentes méthodes cryptographiques utilisées depuis Jules César et jusqu’aux méthodes actuelles (basées sur la factorisation des nombres premiers). Outre qu’il explique de façon détaillée et très pédagogique les méthodes de cryptage et de décryptage, Simon Singh présente également les circonstances historiques de l’utilisation de ces codes. On comprendra ainsi comment Elisabeth Ière  d’Angleterre a trouvé le prétexte pour exécuter sa cousine et concurrente Marie d’Ecosse, comment les Anglais ont brisé le chiffre des Nazis pendant la seconde guerre mondiale (leur fameuse machine Enigma), ce qui fut l’occasion de la réalisation des premiers circuits électroniques par Alan Turing, ou encore comment les Américains ont utilisés les Indiens Navarro pour leurs communications militaires dans la guerre contre le Japon.

C’est vraiment intéressant, et ça se lit comme un roman. C’est évidemment encore mieux si on fait l’effort de décortiquer les principes du chiffrement.

Le roman du mois de mai

Encore un mois à thème, à première vue moins enthousiasmant que le mois dernier : les mathématiques.

Un roman qui cause de maths, ça pourrait être terrible, mais ce n’est pas le cas d’Oncle Petros et la conjecture de Golbach, de Apostolos Doxiakis, édité chez Christian Bourgois, quatrième de couverture accessible sur cette page du site de l’éditeur (qui est nul, le site je veux dire, pas l’éditeur).

L’oncle Petros a été un fameux mathématicien, mais toute sa famille considère qu’il a gâché sa vie. Son neveu préféré, le narrateur, a l’ambition de devenir mathématicien, et va demander conseil à son oncle, pour son plus grand malheur. Etudiant dans une université américaine, le narrateur découvrira peu à peu la vérité sur la vie et l’échec de son oncle.

Outre que c’est un bon roman comme je les aime, avec une histoire dont on a envie de connaitre la suite et la fin, ce livre a l’avantage de montrer un peu au profane comment marche la recherche, et en particulier l’importance des publications scientifiques.

Vous pourrez préalablement demander à Monsieur K. un petit topo sur la conjecture de Goldbach :

tout nombre pair supérieur à 2 est la somme de deux nombres premiers

qui est toujours ni démontrée à ce jour ni infirmée par aucun contre-exemple. Vous pouvez aussi lui demander un topo sur le théorème de l’incomplétude de Gödel (ouille, je sens qu’il va m’aimer Mr K …). Cela dit, ce n’est nullement indispensable pour lire le roman.

Correction du devoir en temps limité de chimie n°7

Le devoir de chimie organique est satisfaisant, avec une moyenne de 12,6/20. La moyenne est atteinte par 30 copies, et 3 ont entre 9 et 10.

Le premier exercice est le moins résussi (moyenne 9,6/20), et cela est assez normal. Vous n’avez pas encore beaucoup de pratique expérimentale en chimie organique (quelques représentations de Büchner ne manquent pas d’humour !), et cela va s’améliorer avec le temps. D’autre part, vous manquez encore de culture concernant les composés organiques. Par exemple, affirmer que le lavage à l’eau permet d’éliminer l’éther restant est absurde car l’éther et l’eau ne sont pas miscibles ; en outre, l’éther est un solvant très volatil, qui s’évapore rapidement sans qu’il n’y ait rien à faire.
Je suis en revanche moins satisfait de la question 3 : comparer les quantités des deux réactifs, cela ne peut que signifier qu’il faut comparer les nombres de moles introduites ! Comparer les masses de deux composés de masses molaires différentes n’a aucun intérêt. D’ailleurs, si vous aviez écrit un tableau d’avancement, comme en terminale, vous ne vous seriez pas trompé ! C’est une erreur très grave.
Dans le même ordre d’idée, le calcul du rendement est la plupart du temps faux. Par définition, le rendement est le nombre de moles de produit obtenu sur le nombre de moles maximal de produit qu’on peut obtenir (qui est donné par le nombre de moles du réactif en défaut). J’ai bien insisté en TP sur le fait que le rendement revient au rapport de la masse du produit à la masse du réactif en défaut uniquement si les masses molaires sont identiques (voir le TP sur la réaction d’isomérisation). D’autres ont été jusqu’à diviser la masse de produit obtenu par la somme des masses des réactifs introduits ! Faites un tableau d’avancement, faites ce qu’on vous a appris !! C’est aussi très grave.

Le second exercice est mieux réussi (moyenne : 12,7/20). Cependant, je tiens à bien préciser que, comme tous les ans, je suis extrêmement laxiste lors de la correction du premier devoir de chimie organique. Si je suis d’ores et déjà impitoyable sur les flèches qui partent de nulle part pour arriver à rien, je n’ai pas été trop regardant lorsqu’une charge positive manquait sur un ion ponté, ou si la dernière étape de l’addition de l’eau sur un alcène n’est pas écrite avec une double flèche (équilibre acido-basique). Ceci ne durera qu’un temps, et je serai nettement moins bien disposé au prochain devoir. N’allez donc surtout pas croire que le niveau de chimie organique de la classe est d’emblée excellent. Ce n’est pas le cas ; je souhaite juste ne pas dégoûter tout le monde de la chimie organique en donnant l’impression qu’il s’agit d’une science de pinailleurs névrosés de la flèche.

Quelques remarques d’ordre général.
– Représenter les deux carbocations possibles en écrivant leur classe est plus rapide, plus démonstratif et plus clair qu’une phrase alambiquée. Ne pas avoir à récrire tous les mécanismes ne signifie pas qu’il faille cesser de faire des schémas.
– Dans le même ordre d’idée, dire qu’un carbocation est stabilisé par mésomérie, c’est bien, mais le montrer par un schéma mettant en évidence quelques formes résonantes est mieux, et à partir d’aujourd’hui indispensable.
– Les devoirs sont généralement constitués de questions ayant des rapports les unes avec les autres. La question 9 était regroupée avec la question 8 dans le même paragraphe. Or la question 8 est du cours, donc la question 9 doit logiquement en être une variante. Même chose pour les questions 14 et 15.
– Lorqu’on dit : « expliquer la réaction suivante », un schéma mécanistique est le plus souvent la meilleure réponse, surtout s’il est agrémenté des charges partielles des atomes, et éventuellement d’un ou deux mots genre : « site électrophile » ou « nucléophile ».

Concernant la chimie elle-même, je veux revenir sur 3 points.
– A la question 9, la stabilisation du carbocation sur le site voisin de l’oxygène a souvent été expliquée par un effet inductif de l’oxygène. Or O est très électronégatif, donc il attire à lui les électrons de ses voisins par effet inductif, donc il apauvrit encore plus en électrons le carbone lacunaire. L’effet inductif ne peut donc pas être la bonne réponse. En revanche, l’oxygène est donneur d’électrons par effet mésomère, et on peut écrire une forme limite qui permet de délocaliser la charge positive. Règle : si vous ne pouvez pas expliquer quelque chose par un effet inductif, cherchez s’il n’y a pas un effet mésomère quelque part ; si oui, l’effet mésomère est la plupart du temps prépondérant.
– A la question 11, on demandait d’expliquer pourquoi HOBr réagit comme Br2 sur un alcène, c’est-à-dire d’expliquer pourquoi il mène à un ion ponté. Pour cela, il faut comparer les deux molécules : Br2 est apolaire mais se polarise à l’approche de la double liaison, et c’est le Br chargé + qui s’additionne ; dans HOBr, le Br est chargé +. Dans le deux cas, la molécule présente un atome de Br électrophile. Il n’y a rien d’autre à dire, mais c’est indispensable.
– A la question 13, il faut bien comprendre que l’ion HO- réagit sur l’ion ponté qui se forme (et qu’on doit écrire). Le raisonnement avec le carbocation ne sert qu’à identifier le site le plus électrophile de l’ion bromonium, mais la réaction ne passe pas par un carbocation. En revanche, aux questions 14 et 15, il y a réellement formation d’un carbocation, car celui-ci est fortement stabilisé par mésomérie : l’ion ponté qui se forme évolue donc en un carbocation (qui se forme à partir de l’ion ponté et non directement à partir de l’alcène). Ceci est évidemment schématique : en réalité, tous les mécanismes intermédiaires entre purement ion ponté et purement carbocation sont envisageables. Ceci pour dire que : il n’est pas question de dire que Br2 sur un alcène passe par un carbocation dans le cas général. Les questions 13 à 15 sont hors programme ; c’était les questions pour la bonne bouche, quoi !